De intergalactische premiejager Samus Aran ontvangt een noodsignaal van een gestrande fregat in de baan om de planeet Tallon IV. Bij het onderzoek blijkt het fregat een ruimtepiraten-onderzoekschip te zijn, waar schokkende genetische experimenten met de mysterieuze Phazon-substantie plaatsvinden. Daar ontmoet Samus haar aartsvijand Meta Ridley, die haar tot aan het oppervlak van Tallon IV achtervolgt. Het is aan haar om de met elkaar verbonden regio's van de planeet te verkennen, zijn duistere geheimen te onthullen en de intergalactische bedreiging door Phazon te beëindigen.

Ervaar dit door critici geprezen first-person avontuur als nooit tevoren met verbeterde graphics, audio, besturing en meer.