In New Pokémon Snap worden spelers uitgenodigd om de schilderachtige eilanden van de Lentil-regio te verkennen. De ongerepte natuur van dit gebied biedt alles, van dichte jungles tot uitgestrekte woestijnen. Talrijke Pokémon, die alleen maar wachten om ontdekt te worden, zijn hier thuis. Als beginnende fotograaf gaan spelers in New Pokémon Snap op expeditie om de wilde Pokémon te fotograferen die hun dagelijkse leven in Lentil leiden. Ze worden hierbij ondersteund door professor Mirror en zijn assistente Rita. Een expeditie in de wildernis van de Lentil-regio kan in het begin ontmoedigend lijken, maar de Neo-One brengt spelers veilig van eiland naar eiland. Tijdens een verkenning neemt dit voertuig de navigatie op de verschillende routes van de eilanden over, zodat spelers hun volledige aandacht kunnen richten op het maken van perfecte foto's.