Shadow Tactics is een real-time strategiespel met de nadruk op tactiek en stealth, dat zich afspeelt in Japan tijdens de Edo-periode. Beheer een team van dodelijke specialisten en kies je eigen aanpak wanneer je krachtige vestingen, besneeuwde bergklosters of geheime kampen in de wildernis moet infiltreren. Plan je aanvalstactiek zorgvuldig – zet vallen, misleid en overlist je tegenstanders en blijf altijd in de schaduw, want de vijand is overweldigend.

Het team bestaat uit zeer verschillende personages, en samenwerking lijkt bijna onmogelijk. Maar na enkele gezamenlijke missies beginnen ze elkaar te vertrouwen en zelfs vriendschappen te sluiten. Ze ontwikkelen hun eigen dynamiek; iedereen heeft zijn eigen verhaal en moet zijn persoonlijke demonen onder ogen zien om in het team te functioneren.

Een van de leiders is Hayato, een wendbare ninja die zich meestal geruisloos voortbeweegt en zijn tegenstanders met zwaard en shuriken stilletjes uitschakelt. De samurai Mugen geeft de voorkeur aan een offensievere methode en kan meerdere vijanden tegelijk verslaan, maar hij mist daardoor wendbaarheid. Aiko is een meesteres in camouflage, en het straatkind Yuki kan vallen zetten en vijanden in hun ondergang lokken. De mysterieuze Takuma vertrouwt volledig op zijn sluipschuttersgeweer en zijn viervoetige metgezel, Tanuki Kuma.

De speler moet zijn strategie zorgvuldig afwegen om de uitdagende missies te voltooien: Hoe zullen de personages zich als team gedragen? Wie is het meest geschikt voor bepaalde acties? Hoe kunnen ze de missie het beste voltooien? Ontwikkel je eigen geniale tactieken om vijanden te verslaan en missies te voltooien.