Superorganisme intestinal : comment le microbiome influence votre santé

Ils peuplent vos intestins par milliers de milliards et sont actuellement au centre de la recherche : bactéries, champignons, virus et protozoaires. Les scientifiques appellent cette communauté diverse de micro-organismes le microbiote ou le microbiome. De nouvelles technologies, comme le séquençage à haut débit, ont permis pour la première fois depuis les années zéro d'analyser rapidement et précisément la immense diversité de la flore intestinale - du moins en ce qui concerne les bactéries intestinales. Plusieurs milliers d'espèces bactériennes ont déjà été identifiées.

Environ 300 d'entre elles se retrouvent chez chaque être humain. Mais de nombreux facteurs influent sur la flore intestinale : la génétique, le mode de vie, l'alimentation, les médicaments tels que les antibiotiques, les polluants, l'environnement, l'hygiène ou encore le fait d'avoir ou non des animaux domestiques - c'est pourquoi la composition détaillée de ces minuscules locataires varie fortement d'une personne à l'autre. "Si bien que l'on peut parler d'empreinte digitale microbienne", explique le Prof. Michael Scharl, médecin à la clinique de gastroentérologie de l'hôpital universitaire de Zurich (USZ) et directeur du Centre de recherche translationnel sur le microbiome. Il dirige à l'USZ la première consultation en microbiome de Suisse.

Votre intestin, un super organe : relié au cerveau par une "voie rapide"

Une chose est sûre : plus le microbiome est diversifié, plus il est résistant - et donc apte à remplir ses multiples fonctions. "On sait depuis longtemps que les bactéries intestinales aident à la digestion", explique le professeur Scharl. "Mais il est désormais également établi que les microbes renforcent la barrière intestinale, de sorte que les agents pathogènes ne peuvent pas passer de l'organe digestif à l'intérieur du corps et vice versa. Ils agissent également comme des partenaires d'entraînement pour le système immunitaire et participent à la production d'hormones, de vitamines et d'autres messagers chimiques."

De cette manière, les habitants de l'intestin influencent tout notre métabolisme, nos organes et même notre cerveau. Ce lien est également appelé par les scientifiques axe intestin-cerveau. Sur cette voie rapide qui relie les deux organes, l'intestin et le cerveau communiquent à l'aide de différents messagers

Les substances produites par les bactéries passent notamment dans la circulation sanguine via la paroi intestinale. Parmi elles, celles qui contribuent à la production de substances neurologiquement actives comme les neurotransmetteurs sérotonine et dopamine. Il n'est donc pas étonnant que le microbiome soit également appelé "superorgane", s'il peut même influencer la pensée, le comportement et l'état d'esprit.

La flore intestinale : une diversité saine, une personne en bonne santé

Les chercheurs commencent tout juste à comprendre comment fonctionne exactement l'interaction complexe entre l'homme et sa flore intestinale. Pour votre "relation" personnelle avec vos petits locataires, le fait suivant est particulièrement important : votre intestin abrite des bactéries qui peuvent avoir un effet positif ou négatif sur votre santé. Cela dépend d'une part du type de bactéries, mais surtout de l'endroit où elles se trouvent et de la proportion dans laquelle elles se trouvent. Selon les cas, cela peut se traduire par des troubles gastro-intestinaux

Les personnes atteintes de la maladie de Crohn ou de la colite ulcéreuse, chez qui la diversité des colocataires microbiens est limitée, le savent par expérience. Mais tous ceux qui ont déjà eu des diarrhées après avoir pris des antibiotiques l'ont également ressenti dans leur propre chair. Comme la plupart des antibiotiques utilisés sont des antibiotiques à large spectre qui ne font pas la différence entre amis et ennemis des bactéries intestinales,

Conseil du professeur Scharl : la prochaine fois que vous prenez un antibiotique, faites-vous prescrire un probiotique, comme le Saccharomyces Boulardii. Il stabilise le microbiome et favorise la régénération de la flore intestinale.

La nourriture pour l'intestin

Mais il n'y a pas que les médicaments qui mettent à mal votre microbiote. "Il existe par exemple aussi des preuves que notre régime alimentaire occidental - peu de fibres, beaucoup de graisses animales et de sucre - associé au stress et au manque d'activité physique, réduit la diversité des germes intestinaux", explique Scharl. Les ballonnements, les problèmes de digestion et autres ne sont alors qu'un mal relativement mineur.

Car en même temps, les bactéries qui produisent de la triméthylamine, une substance soupçonnée d'augmenter le risque d'athérosclérose et donc d'infarctus et d'accident vasculaire cérébral, se multiplient. Pour le bien de votre microbiote, vous devriez donc adopter une alimentation équilibrée, riche en fibres et en fruits et légumes frais, ainsi qu'un mode de vie sain et décontracté.

Les probiotiques ne sont malheureusement pas un substitut commode pour cela. Ils ne peuvent être qu'un complément. "Il est également important de savoir qu'il existe trois catégories de probiotiques", explique Michael Scharl. "Il existe des médicaments délivrés sur ordonnance, ils sont remboursés par la caisse d'assurance maladie. Les produits probiotiques vendus en pharmacie ou en parapharmacie ont également souvent un effet prouvé. Toutefois, ils ne permettent pas de nourrir des bactéries spécifiques de manière ciblée. Pour les aliments enrichis en probiotiques, tels que les yaourts ou les boissons, il n'existe généralement pas de preuve scientifique de leur efficacité. Toutefois, si les produits probiotiques sont bénéfiques pour vous, prenez-les."

Microbiome intestinal modifié : cause ou conséquence de nombreuses maladies?

Pour vivre en harmonie avec vos microbes, vous n'avez pas besoin de plus de connaissances ni de plus d'actions. Pourtant, le biome fait actuellement l'objet d'un battage médiatique. D'un point de vue scientifique, c'est compréhensible : les chercheurs découvrent presque chaque jour de nouvelles choses. Mais parce qu'en plus des articles spécialisés et études, de nombreux guides de vulgarisation scientifique à succès comme "Le charme de l'intestin", la curiosité est naturellement grande chez les personnes ordinaires concernées. Et nombreux sont ceux qui tombent alors sous le charme des innombrables fournisseurs qui proposent d'avoir un aperçu de leur intestin, et donc de leur état de santé, par le biais d'un examen de selles au microbiome.

"Des études montrent que le microbiote des patients atteints de certaines maladies diffère de celui des personnes en bonne santé", confirme M. Scharl. Et la liste des maladies associées à une altération du microbiote est longue : elle va des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin aux maladies neurologiques comme la sclérose en plaques, en passant par les allergies, les rhumatismes, le diabète, l'obésité (surpoids pathologique), la dépression et l'autisme.

Mais on est loin de savoir si les modifications du microbiome sont à l'origine de ces maladies ou si elles en sont plutôt la conséquence, c'est-à-dire qu'elles peuvent tout simplement être les deux. "De plus, toutes les personnes présentant certaines anomalies ne sont pas ou ne seront pas atteintes des maladies qui leur sont associées", souligne Scharl.

Est-ce que je suis encore en bonne santé ou déjà malade ?

Michael Scharl est donc plutôt réticent à l'égard de ces autotests. "Oui, ils donnent des résultats corrects. Mais il n'est pas encore possible de classer correctement les résultats et, le cas échéant, d'en déduire un traitement", explique-t-il. De plus, comme le microbiome varie d'une personne à l'autre, il manque encore une définition des valeurs et compositions bactériennes qui peuvent être considérées comme "normales" pour une personne en bonne santé, et si et quand exactement des modifications indiquent de manière fiable l'apparition ou la progression de maladies.

"Si vous allez chez le médecin pour faire analyser votre bilan hépatique et qu'il est trop élevé, c'est qu'il y a une atteinte hépatique dont on peut rechercher les causes. Cette classification n'existe pas, du moins pas encore, pour le microbiome", explique l'expert Scharl. Les personnes incertaines viennent souvent le voir à la consultation microbiome de l'USZ pour discuter de leurs résultats.

Microbiome intestinal : un espoir pour la médecine du futur

Mais le gros des visiteurs de la consultation vient chercher de l'aide pour des troubles gastro-intestinaux ou pour des questions sur les transplantations fécales, qui consistent à transférer les selles préparées d'une personne saine à une personne malade. "Cette procédure est utilisée chez les personnes atteintes de colite à Clostridioides difficile réfractaire aux antibiotiques, où elle donne de très bons résultats. Mais c'est la seule indication pour laquelle nous la pratiquons", précise Michael Scharl.

Pour l'avenir, il pense que "les recherches sur le microbiome peuvent fournir de nombreuses autres possibilités pour des interventions thérapeutiques encore plus ciblées". Il croit que les micro-organismes du tube digestif joueront un grand rôle en médecine à l'avenir : en tant qu'agent thérapeutique.

Sarl espère qu'il sera possible de guérir les maladies en modifiant la composition de la flore intestinale ou en remplaçant les bactéries réduites par la maladie. "La thérapie idéale serait alors atteinte si les patients ne devaient plus recevoir que des cocktails de bactéries adaptés individuellement ou des produits métaboliques isolés par pilule."

Dans le domaine du cancer du côlon, cela pourrait être le cas d'ici deux à trois ans. Des expériences menées sur des souris cancéreuses ont permis d'activer les lymphocytes T qui tuent la tumeur en leur administrant par voie orale les bactéries qui sont réduites dans l'intestin des patients cancéreux.